临床医学高通量测序与大数据分析视频教学教程生物医学篇高通量测序原理与应用网课

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一、蛋白质数据库介绍

蛋白质的结构主要分为四级，一级结构、二级结构、三级结构以及四级结构。依据这种结构层次,将蛋白质数据库分为:

1.蛋白质序列数据库:如IPIR、SWISS-PROT、NCBl ,这些数据库的数据主要以蛋白质的序列为主,并赋予相应的注释;

⒉蛋白质模体及结构域数据库:如PROSITE、Pfam,这些数据库主要收集了蛋白质的保守结构域和功能域的特征序列;

3.蛋白质结构数据库:如PDB等,这些数据库主要以蛋白质的结构测量数据为主;

4.蛋白质分类数据库:如SCOP、CATH、FSSP等,这其中有以序列比较为基础的序列分类数据库以及以结构比较为基础的结构分类数据库之分。

蛋白质序列的获取

(1）直接测序--串联质谱仪测序(2）翻译编码的DNA序列ORF Finder

网址: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/(3）在数据库中搜索

运用ID号、入口号、条日号等搜索。运用关键词搜宸

其他方式搜索。如可以通过引用序列的文献、序列的作者、序列提交的口期等进行搜索

第—节:高通量测序原理与应用【三味教育】.mp4

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第四节:高通量测序数据详解【三味教育】.mp4

第五节:高通量数据预处理【三味教育】.mp4

第六节:高通量序列的比对【三味教育】.mp4

第八节:高通量-蛋白序列分析【三味教育].mp4

第七节:高通量-核酸序列分析【三味教育】.mp4

第九节:高通量-基因组注释【三味教育】.mp4

第十节:高通量-蛋白结构预测【三味教育】.mp4

第十—节:高通量-进化分析【三味教育】.mp4

第十二节:高通量-EST分析流程【三味教育】.mp4

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