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环状RNA芯片数据挖掘

环状RNA

·环形RNA是mRNA在剪接的过程中，上游exon的5’端与下游exon的3’端剪接到一起，

从而形成的首尾相接的环状RNA分子。

主要内容

>简介

>数据下载

>id转换

>差异表达

>热图绘制

>circBase数据库

>MRE (microRNA response element)

>RBP(RNA binding protein)

>ORF(open reading frame)

>miRNA靶基因

>功能分析

>通路分析

circRNA特点

大多数定位于细胞质,且序列高度保守。比线性RNA更稳定,不易被降解。

许多circRNA表达水平与线性RNA的表达水平相当,一些circRNA的表达水平甚至超过它们的线性异构体10倍。

大多数来自蛋白质编码基因的外显子。大部分是非编码RNA(noncoding RNA, ncRNA)。

circRNA功能

与miRNA相互作用(MRE)。

circRNA能与蛋白质结合,抑制蛋白质活性、募集蛋白质复合体的组分或调控蛋白质的活性。

一些circRNA可作为翻译的模板指导蛋白质的合成。

circRNA通过碱基互补配对直接调控其他RNA水平。

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