生信分析数据挖掘TCGA数据库ceRNA网络构建视频教程安装代码

生信分析数据挖掘TCGA数据库ceRNA网络构建视频教程讲解目录

内容提纲

第一章、TCGA数据库简介

第二章、软件安装

第三章、数据下载提取

第四章、差异分析

第五章、差异lncRNA与差异miRNA比对

第六章、DEmiRNA靶基因预测

第七章、网络构建数据准备

第八章、构建ceRNA网络

第九章、生存分析

癌症类型

ACC腺样囊性癌

BLCA膀胱癌

BRCA乳腺癌

CEsC宫颈鳞状细胞癌

CHOL胆癌

COAD结肠癌

DLBC淋巴癌

ESCA食管癌

GBMLGG脑癌

HNSC头颈部鳞癌

KICH嫌色细胞癌

KIRC肾透明细胞癌

KIRP乳头状肾细胞癌

LAML骨髓癌

LIHC肝癌

LUAD肺腺癌

LUSC肺鳞状细胞癌

MESO胸膜癌

oV卵巢癌

PAAD胰腺癌

PCPG 肾上腺癌

ceRNA简介

ceRNA (competing endogenous RNAs,内源竞争RNA）假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制。

已知microRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默，而ceRNA可以通过竞争性地结合microRNA来调节基因表达。

ceRNA可以通过应答元件与microRNA结合从而影响microRNA导致的基因沉默，

这揭示了一条RNA->microRNA调节通路的存在，具有重大生物意义。

近年来越来越多的证据表明，IncRNA与miRNA及其下游靶基因之间的相互调控模式与肿瘤的发生发展密切相关，

已成为肿瘤研究领域的一大热点。miRNA作为一个转录后调控的重要因子，

其活性可被IncRNA通过“海绵”吸附的方式调控，此类IncRNA又被称为竞争性内源

RNA(competingendogenousRNA，ceRNA)。LncRNA作为ceRNA竞争性地与miRNA结合，

从而调节编码基因的蛋白质水平，参与调控细胞的生物学行为。

然而对于在肿瘤中发挥ceRNA功能的IncRNA目前仍知之甚少。

视频

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代码

ceRNA_Transcriptome【三味教育】.zip

ceRNA【三味教育】.zip

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