生信分析数据挖掘TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频教程讲解目录


TCGA数据库ATAC-seq挖掘

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简介

ATAC数据下载

ATAC数据整理覆盖度图

基因特征图

Upset图热图

TSS距离分布

GO富集分析

KEGG富集分析

Motif查找和注释

基因表达数据下载

ATAC和基因表达相关性分析

Peak注释

ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是

由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y.Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,

原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,

然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。

真核生物的核DNA与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构。

DNA的复制,或基因的转录都需要将DNA的紧密结构打开,从而允许一些调控因子结合(转录因子或其他调控因子)。

这部分打开的染色然四开的染色质,打开的染色质就叫开放染色质,允许其他调控因子(启动子、增史绒合的特性称为染色质的可及性。


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