生信分析数据挖掘TCGA数据库ATAC-seq挖掘视频教程讲解目录
TCGA数据库ATAC-seq挖掘
主要内容
简介
ATAC数据下载
ATAC数据整理覆盖度图
基因特征图
Upset图热图
TSS距离分布
GO富集分析
KEGG富集分析
Motif查找和注释
基因表达数据下载
ATAC和基因表达相关性分析
Peak注释
ATAC-seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin withhigh throughput sequencing)是
由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y.Chang实验室开发的用于研究染色质开放性(可及性)的方法,
原理是通过Tn5转座酶切割暴露的DNA并同时连接上特异性的adapters,
然后连接上adapters的DNA片段被分离出来用于二代测序。
真核生物的核DNA与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构。
DNA的复制,或基因的转录都需要将DNA的紧密结构打开,从而允许一些调控因子结合(转录因子或其他调控因子)。
这部分打开的染色然四开的染色质,打开的染色质就叫开放染色质,允许其他调控因子(启动子、增史绒合的特性称为染色质的可及性。
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