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生信分析数据挖掘可变剪切视频教程讲解目录

可变剪切5分文章套路

主要内容

简介

数据下载(AS、SF、clinical)

数据整理(AS、SF、 clinical)

绘制Upset图

单因素COX分析

绘制火山图和气泡图

Lasso回归

COX模型构建

生存分析

ROC曲线绘制

风险曲线

独立预后分析

AS和SF调控网络

可变剪切

可变剪切(alternative splicing,AS)，也叫做选择性剪切，指的是在mRNA前体到成熟mRNA的过程当中，

不同的剪切方式使得同一个基因可以产生多个不同的成熟mRNA,最终产生不同的蛋白质。

可变剪接是调节基因表达和产生蛋白质组多样性的重要机制，是导致真核生物基因和蛋白质数量较大差异的重要原因。

可变剪切在肿瘤中经常发生，与肿瘤发生发展密切相关。研究发现可变剪切影响了那些在肿瘤中经常发生

基因家族，改变了肿瘤相关信号通路中的蛋白-在相互作用，说明可变剪切也是驱动肿瘤发生的一种重要原因。

可变剪切PSI值

PSl ( Percent-spliced-in，拼接百分比)可以针对isoform, exon,ASE进行计算,对于ASE来说，

PSl = splice_in / (splice_in+splice_out)，在RNA-seq数据中splice_in和splice_out

分别是支持splice in 和splice out发生的reads的数目。

配套资料

01.简介【三味教育】

02.mRNAdownload【三味教育】

03.mRNAmerge【三味教育】

04.idTrans 【三味教育】

05.clnical 【三味教育】

06.getClinical【三味教育】

07.asData【三味教育】

o8.process【三味教育】

09.upSetR【三味教育】

10.impute 【三味教育】

11.mergeAsTime 【三味教育】

12.uniCox【三味教育】

13.vol【三味教育】

14.bubble【三味教育】

15.lasso【三味教育】

16.multiCox【三味教育】

17.survival【三味教育】

18.ROC【三味教育】

19.riskPlot【三味教育】

20.prepareIndep【三味教育】

视频

._01可变剪切5分文章套路简介【三味教育】.mp4

02转录组数据下载【三味教育】.mp4

03转录组数据整理【三味教育】.mp4

04ID转换【三味教育】.mp4

05临床数据下载【三味教育】.mp4

06临床数据整理【三味教育】.mp4

07可变剪切数据下裁【三味教育】.mp4

08可变剪切数据整理【三味教育】.mp4

09可变剪切upset图【三味教育】.mp4

10可变剪切补缺和过滤【三味教育】.mp4

11可变剪切和生存数据合并【三味教育】.mp4

12单因素COX分析【三味教育】.mp4

13绘制火山图【三味教育】.mp4

14气泡图绘制【三味教育】.mp4

15lasso回归【三味教育】.mp4

16cox模型构建【三味教育】.mp4

17生存分析【三味教育】.mp4

18绘制ROC曲线【三味教育】.mp4

19绘制风险曲线【三味教育】.mp4

20独立预后分析输入文件准备【三味教育】.mp4

21单因素独立预后分析【三味教育】.mp4

22多因素独立预后分析【三味教育】.mp4

23提取SP基因表达量【三味教育】.mp4

24AS和SF相关性分析【三味教育】.mp4

25AS和SF调控网络可视化【三味教育】.mp4

课件_可变剪切5分文章套路【三味教育】 .pdf

生信分析数据挖掘可变剪切视频教程截图