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全基因组关联分析(GWAS)

全基因组关联分析(Genome-wide association study)是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异，

即单核苷酸多态性(SNP)，从中筛选出与疾病相关的SNPs。

通过Mota分析胃癌的16个研究，总.共2700患者。

结论是rs1801133(TT）基因型和〔CT）基因型比(CC）增加凤险分别约1.52倍和1.17倍。

大致相同的风险被认为白种人和亚洲人。吸烟和叶酸水平低（从饮食中吸收水和蔬菜低）

且为(TT)基因型的个人增高胃癌风险约1.5-2倍

software

plink.exe --ped test.ped --map test.map --maf 0.05 --assoc

CHR:染色体SNP: snp id

PP: SNP在染色体上的位置(BP)

A1:等位基因1

F_A: case组中等位基因A1的频率

F_U: control组中等位基因A1的频率A2:等位基因2

CHISQ:卡方统计值

GWAS分析【三味教育】.mp4

GWAS.ppt

wannovar.xlsx

gwasResults.txt

manhattan.pdf

qqman.R

QQplot.pdf

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