生信分析TCGA GEO数据库甲基化芯片分析视频教程methylation甲基化芯片数据分析 R语言课程

生信分析TCGA GEO数据库甲基化芯片分析视频教程讲解目录

主要内容

从GEO下载数据

质控

归一化

差异甲基化位点

差异甲基化区域

注释

甲基化芯片

Illumina Human Methylation 450K BeadChip芯片可检测人全基因组近450,000个甲基化位点，

具有单碱基的分辨率。全面覆盖了96%的CpG岛，并根据需求加入了CpG岛以外的CpG位点、

人类干细胞非CpG甲基化位点、正常组织与肿瘤（多种癌症）组织差异甲基化位点、

编码区以外的CpG岛、miRNA启动子区域和GWAS疾病相关区域的位点，

同时覆盖了Human Methylation27 BeadChip的90%的位点。

芯片的值

·A探针（非甲基化）的数目u·B探针（甲基化）的数目Mb·β值或者m值

·β值反映了能够和给定被甲基化的序列匹配的寡核苷酸的

比率，序列中的甲基化率

·M值可以消除探针不同而造成的影响

甲基化芯片数据分析【三味教育】.mp4

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result【三味教育】

data【三味教育】.txt

group【三味教育】.txt

matrix【三味教育】.R

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