生信分析生物信息TCGA GEO ICGC数据库挖掘视频教程免疫微环境课程

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摘要

1、本文与18年4月发表在AGING-US (IF>5)上。

2、肿瘤微环境是肿瘤所处的细胞环境。它由免疫细胞，

间充质细胞，内皮细胞，具有炎症介质和细胞外基质(ECM)分子。

在肿瘤微环境中，免疫和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分，

并且已被证实对于肿瘤的诊断和预后评估具有很大价值。

3、基本思路是利用TCGA数据库和ESTIMATE算法衍生的免疫评分，

构建GBM患者预后不良的微环境相关预后模型。

参考点:

1、ESTIMATE算法

2、肿瘤微环境

3、免疫和基质细胞

课时01.下载TCGA数据【三味教育】.mp4

课时02.计算样本免疫微环境评分【三味教育】.mp4

课时03.免疫微环境评分与各个临床特征的关系【三味教育】.mp4

课时04.免疫微环境评分高低与预后的关系【三味教育】.mp4

课时05.免疫微环境评分高低样本的基因表达差异【三味教育】.mp4

课时06.这些差异基因与预后的关系，筛选预后显著相关的差异基因【三味教育】.mp4

课时07.外部数据集验证这些基因【三味教育】.mp4

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