临床医学生信分析数据挖掘小张聊科研生信数据挖掘大全视频教程R语言GEO Oncomine TCGA数据库课程

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LncRNAs play a wide range of roles in tumor biology.

The functions of most IncRNAs have not been elucidated.

Some IncRNAs are abnormally expressed in multiple cancersbut merely studied.

lt is highly desired to study these poorly understood

but crucial lncRNAs across multiple cancers.

 WGCNA v1.51 1s was usedto construct a co-expression network 

between the onco-IncRNAs and their "closely correlated”PCGs,

 based on the signed Pearson Correlation Coefficient (PCC) between their normalized expression levels

 as providedby Cuffnorm3. A PCG is defined to be “closely correlated”with the onco-IncRNAs 

when its absolute values ofPearson correlation coefficients with more than 5 onco-IncRNAs are equal or greater 

than 0.5. Consequently,6,316 correlated-PCGs were obtained. 

We then calculated a correlation matrix containing the absolute values

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